La prima raccolta capitolina di antichità egizie ha inizio nel XVIII secolo, con l'acquisizione delle statue dei giardini di Villa Verospi Vitelleschi. Già in epoca medievale venne eretto sul colle Capitolino l'obelisco di Ramsete II, a testimoniare una forte polemica nei confronti del Papa che aveva fatto collocare un altro obelisco davanti alla rotonda di S. Andrea. Dai documenti d'archivio e dalle immagini si possono osservare monumenti egizi a ornamento degli ingressi dei due palazzi capitolini, già all'inizio del XVI secolo, secondo un criterio espositivo di carattere simbolico e politico. La sistemazione della piazza ideata da Michelangelo ribadisce il legame culturale con il mondo egizio mediante la disposizione, nel 1549, delle statue del Nilo e del Tigri, trasformato in Tevere, ai piedi della scalinata di Palazzo Senatorio. I leoni egizi, ancora oggi visibili, furono collocati nel 1582 ai piedi della cordonata capitolina.

Durante il pontificato di Clemente XI (1700-1721) vennero acquisite, donate e collocate all'interno di Palazzo Nuovo, quattro statue rinvenute nell'area della Villa Verospi Vitelleschi (in antico Horti Sallustiani) che avevano decorato il padiglione egizio fatto costruire dall'imperatore Adriano all'interno degli /torti. La collezione fu incrementata durante tutto il Settecento con il trasferimento delle statue di Tolomeo e Arsinoe nel Cortile di Palazzo dei Conservatori e nel 1748 fu persino allestita la "Stanza del Canopo", voluta da papa Benedetto XIV, per accogliere sculture provenienti dal Canopo di Villa Adriana e dal Santuario di Iside e Serapide nel Campo Marzio. Nel 1838, tuttavia, quasi tutte le sculture egizie conservate in Campidoglio furono spostate in Vaticano.

Nel 1907 l'archeologo Grazio Marucchi riallestì il piccolo, ma pregevole nucleo, ancora oggi rimasto nelle collezioni capitoline, di reperti egizi venuti alla luce nel corso degli sterri collegati alla sistemazione urbanistica della capitale successiva al 1870 e nel corso degli scavi dell'area dell'Iseo Campense nel 1883. A differenza delle collezioni degli altri musei, questa capitolina all'interno di Palazzo Nuovo non è costituita da reperti trasferiti dall'Egitto, ma rinvenuti all'interno della città e relativi a monumenti urbani che attestano l'importanza della cultura egizia nella società romana antica.